À l’occasion du sixième examen médical de Flora Makihatayama, les apprenties sorcières se rendent dans le monde des sorcières sans savoir qu’ Alexandre Jaune d’Œuf, devenu minuscule, s’est caché dans leurs affaires. Profitant de l’examen, le magicien prend tous les bébés en otage et dérobe les boules de cristal des sorcières, les empêchant ainsi d’utiliser leurs pouvoirs. Privées de magie face à leur adversaire, Dorémi et ses amies parviendront-elles à délivrer Flora et les autres bébés ?